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ManualDetails of Host Protein
| Host Protein General Information (ID: PT0601) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Protein Name |
La-related protein 4B (LARP4B)
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Gene Name |
LARP4B
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| Host Species |
Homo sapiens
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Uniprot Entry Name |
LAR4B_HUMAN
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| Subcellular Location |
Cytoplasm; cytosol
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| External Link | |||||||||
| NCBI Gene ID | |||||||||
| Uniprot ID | |||||||||
| Ensembl ID | |||||||||
| HGNC ID | |||||||||
| Function in Host |
Stimulates mRNA translation.
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| 3D Structure |
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| Function of This Protein During Virus Infection | |||||||||
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| Virus Name | SARS-COV-2 | Protein Function | Anti-viral | [2] | |||||
| Infected Tissue | Lung | Infection Time | 7-9 Days | ||||||
| Infected Cell | Calu-3 Cells (Human epithelial cell line) | Cellosaurus ID | CVCL_0609 | ||||||
| Method Description | To detect the role of host protein LARP4B in viral infection, LARP4B protein knockout Calu-3 Cells were infected with SARS-COV-2 for 7 - 9 Days , and the effects on infection was detected through CRISPR-based genome-wide gene-knockout screen. | ||||||||
| Results | It is reported that knockout of LARP4B increases SARS-CoV-2 RNA levels compared with control group. | ||||||||
| Full List of Virus RNA Interacting with This Protien | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RNA Region: Not Specified Virus Region (hCoV-19/France/IDF-220-95/2020 ) | |||||||||
| RNA Region Details |
RNA Info
Click to show the detail information of this RNA binding region
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[3] | |||||||
| Strains Name |
hCoV-19/France/IDF-220-95/2020
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| RNA Binding Region |
Not Specified Virus Region
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| Virus Name |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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| Interaction Type | Direct interaction | ||||||||
| Infection Cells | HEK293 Cells (Human embryonic kidney cell) (CVCL_0045 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Kidney | ||||||||
| Infection Time | 48 h | ||||||||
| Interaction Score | SAINT score ≥ 0.79 | ||||||||
| Method Description | comprehensive identification of RNA-binding proteins by massspectrometry (ChIRP-MS) | ||||||||
| Differential Gene Expression During SARS-COV-2 Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Protein Phosphorylation after Virus Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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S398
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S424
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S434
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S487
[4] |
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S488
[4] |
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S498
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S498
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S524
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S526
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S532
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S533
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S562
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S599
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S601
[4] |
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S664
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T518
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| Protein Sequence Information |
MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRHAIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVEPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAAGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
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