Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/England/QEUH-1269F5E/2021
Strain Family
Alpha (B.1.1.7)
GISAID Accession EPI_ISL_988664    Info 
Collection Date: 2021/2/1
Originating Lab: Lighthouse Lab in Milton Keynes
Submitting Lab: Wellcome Sanger Institute for the COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium
Authors: The Lighthouse Lab in Milton Keynes and Alex Alderton, Roberto Amato, Sonia Goncalves, Ewan Harrison, David K. Jackson, Ian Johnston, Dominic Kwiatkowski, Cordelia Langford, John Sillitoe on behalf of the Wellcome Sanger Institute COVID-19 Surveillance Team
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF8
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF8 of this Strain
           Methionine aminopeptidase 2 (METAP2)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/England/MILK-1205929/2021|EPI_ISL_988664|2021-02-01 AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGC AGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGA GAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG AGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAA CTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGC AGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGG CTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTT GACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTAC CCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACC CTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCTGAACAACTGGACTTTATTGAC 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.