Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/England/CAMC-12DF946/2021
Strain Family
Alpha (B.1.1.7)
GISAID Accession EPI_ISL_997086    Info 
Collection Date: 2021/1/22
Originating Lab: Virology Department, Royal Infirmary of Edinburgh, NHS Lothian/School of Biological Sciences, University of Edinburgh
Submitting Lab: COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium
Authors: McHugh M, Dewar R, Cotton S, Rooke S, O' Toole ?, Scher E, Hill V, McCrone JT, Colquhoun R, Yu X, Jackson B, Rambaut A, Templeton K
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF8
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF8 of this Strain
           Methionine aminopeptidase 2 (METAP2)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Scotland/EDB14267/2021|EPI_ISL_997086|2021-01-22 AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGC AGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGA GAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG AGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAA CTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGC AGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGG CTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTT GACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTAC CCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACC CTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCTGAACAACTGGACTTTATTGAC 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.