Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Kazakhstan/1872/2021
Strain Family
Delta (B.1.617.2 and AY lineages)
GISAID Accession EPI_ISL_4636751    Info 
Collection Date: 2021/8/19
Originating Lab: Laboratory of Virology, National Center os Expertise, East-kazakhstan region
Submitting Lab: National center for Biotechnology, National center of Expertise
Authors: Shevtsov Alexandr, Amirgazin Asylulan, Kamalova Dinara, Igor Sytnik, Abdaliyev Askar, Olzhabek Raushan, Kalizhanova Zhanat, Tungushbayev Talgat, Balykbaev Kanat, Ramankulov Erlan
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
M region
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the M region of this Strain
           Lupus La protein (SSB)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Matrin-3 (MATR3)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           PHD finger protein 6 (PHF6)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Splicing factor 3A subunit 3 (SF3A3)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Kazakhstan/1872/2021|EPI_ISL_4636751|2021-08-19 CNSNSTSNSARSRTNNNTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCT CTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATT ACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTTTTGCAGCCGATCATC AGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACG TCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCA GAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCC CTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAG GCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAG GTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGA CGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCA TGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGC 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.