Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Canada/UN-276648/2021
Strain Family
Omicron (B.1.1.529; BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.3; BA.4 ; BA.5)
GISAID Accession EPI_ISL_12389442    Info 
Collection Date: 2021/12/17
Originating Lab: Switch Health
Submitting Lab: Public Health Agency of Canada (PHAC) National Microbiology Laboratory
Authors: Anna Majer, Shari Tyson, Grace Seo, Philip Mabon, Elsie Grudeski, Rhiannon Huzarewich, Russell Mandes, Anneliese Landgraff, Jennifer Tanner, Kristyn Burak, Natalie Knox, Morag Graham, Gary Van Domselaar, Gordon Jolly, Carmen Lia Murall, Nathalie Bastien, Yan Li, Timothy Booth, Darian Hole, Madison Chapel, Emily Haidl, Connor Chato, Chanchal Yadav, Jeff Tuff, Adrian Zetner, Katherine Eaton, Kirsten Biggar, CanCOGeN's metadata curation team, Public Health Agency of Canada's CCGP and Scientific Informatics Services team
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF7b
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF7b of this Strain
           Splicing factor U2AF 65 kDa subunit (U2AF2)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Canada/UN-276648/2021|EPI_ISL_12389442|2021-12-17 AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGC AGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGA GAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG AGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAA CTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGC AGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGG CTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTT GACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTAC CCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACC CTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGAC 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.