Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/ElSalvador/INC-LNSP-153/2022
Strain Family
Omicron (B.1.1.529; BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.3; BA.4 ; BA.5)
GISAID Accession EPI_ISL_9915369    Info 
Collection Date: 2022/1/19
Originating Lab: Laboratorio Nacional de Salud Publica
Submitting Lab: Inciensa, Instituto Costarricense de Investigacion y Ense?anza en Nutricion y Salud
Authors: Ruth Vasquez, Denis Jovel, Laboratorio de Genomica INCIENSA
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF7b
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF7b of this Strain
           Splicing factor U2AF 65 kDa subunit (U2AF2)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/El_Salvador/INC-LNSP-153/2022|EPI_ISL_9915369|2022-01-19 ACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACG GTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTG TCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTT GGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAA AGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTA TGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTG GGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGC CGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAAC ATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGT GGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACA 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.