Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Ethiopia/ILRI_COVM02835/2022
Strain Family
Omicron (B.1.1.529; BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.3; BA.4 ; BA.5)
GISAID Accession EPI_ISL_11294977    Info 
Collection Date: 2022/1/13
Originating Lab: Addis Ababa University
Submitting Lab: International Livestock Research Institute
Authors: Abay Sisay, Abraham Tesfaye, Adey Feleke Desta, Samuel O. Oyola, Gilbert Kibet, Daniel Ouso, Shebbar Osiany, Edward Kiritu, Paul Dobi, Collins Muli, Patrick Amoth, Vishvanath Nene, Sonal P. Henson, Edward O. Abworo
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF3a
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF3a of this Strain
           Histone RNA hairpin-binding protein (SLBP)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Ran-binding protein 21 (XPO5)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Ethiopia/ILRI_COVM02835/2022|EPI_ISL_11294977|2022-01-13 AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGC AGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGA GAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGG AGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAA CTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGTGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGA AGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCA AGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGC GACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACT CATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGT GCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGG 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.