Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Malaysia/MGI_GS0622/2022
Strain Family
Omicron (B.1.1.529; BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.3; BA.4 ; BA.5)
GISAID Accession EPI_ISL_10590798    Info 
Collection Date: 2022/1/8
Originating Lab: Hospital Sungai Buloh
Submitting Lab: Malaysia Genome and Vaccine Institute
Authors: Mohd Noor Mat Isa, Irni Suhayu Sapian, Yusuf Muhammad Noor, Nurhezreen Md Iqbal, Mohd Faizal Abu Bakar, Enizza Kasim, Shamsidar Sopie, Siti Noraini Othman, Azrin Ahmad, Mohd Ghows Mohd Azzam.
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
ORF7b
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

  Full list of proteins interacting with the ORF7b of this Strain
           Splicing factor U2AF 65 kDa subunit (U2AF2)
              Protein Details Pro Info Click to show the detail information of this Protein [1]
              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Malaysia/MGI_GS0622/2022|EPI_ISL_10590798|2022-01-08 TCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAAT TACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCAT CAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACAC GTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATC AGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGC CCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAA GGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAA GGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCG ACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTC ATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTG CATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGG 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.