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ManualDetails of Host Protein
| Host Protein General Information (ID: PT1022) | |||||||||
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| Protein Name |
Serine/arginine repetitive matrix protein 1 (SRRM1)
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Gene Name |
SRRM1
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| Host Species |
Homo sapiens
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Uniprot Entry Name |
SRRM1_HUMAN
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| Protein Families |
Splicing factor SR family
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| Subcellular Location |
Nucleus
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| External Link | |||||||||
| NCBI Gene ID | |||||||||
| Uniprot ID | |||||||||
| Ensembl ID | |||||||||
| HGNC ID | |||||||||
| Function in Host |
Part of pre- and post-splicing multiprotein mRNP complexes. Involved in numerous pre-mRNA processing events. Promotes constitutiveand exonic splicing enhancer (ESE) -dependent splicing activation bybridging together sequence-specific (SR family proteins, SFRS4, SFRS5and TRA2B/SFRS10) and basal snRNP (SNRP70 and SNRPA1) factors of thespliceosome. Stimulates mRNA 3'-end cleavage independently of theformation of an exon junction complex. Binds both pre-mRNA and splicedmRNA 20-25 nt upstream of exon-exon junctions. Binds RNA and DNA withlow sequence specificity and has similar preference for eitherdouble- or single-stranded nucleic acid substrates.
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| Related KEGG Pathway | |||||||||
| Nucleocytoplasmic transport | hsa03013 |
Pathway Map 
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| mRNA surveillance pathway | hsa03015 |
Pathway Map 
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| 3D Structure |
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| Full List of Virus RNA Interacting with This Protien | |||||||||
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| RNA Region: Not Specified Virus Region (hCoV-19/England/02/2020 ) | |||||||||
| RNA Region Details |
RNA Info
Click to show the detail information of this RNA binding region
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| Strains Name |
hCoV-19/England/02/2020
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| Strains Family |
Beta (B.1.351)
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| RNA Binding Region |
Not Specified Virus Region
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| Virus Name |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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| Infection Cells | Calu-3 cells (Human lung cancer cell) (CVCL_0609 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Lung | ||||||||
| Infection Time | 24 h | ||||||||
| Interaction Score | P-adjust = 0.071 | ||||||||
| Method Description | UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS) | ||||||||
| Differential Gene Expression During SARS-COV-2 Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Protein Phosphorylation after Virus Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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S260
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S380
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S389
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S391
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S393
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S393
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S402
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S402
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S414
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S414
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S429
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S431
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T872
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| Protein Sequence Information |
MDAGFFRGTSAEQDNRFSNKQKKLLKQLKFAECLEKKVDMSKVNLEVIKPWITKRVTEILGFEDDVVIEFIFNQLEVKNPDSKMMQINLTGFLNGKNAREFMGELWPLLLSAQENIAGIPSAFLELKKEEIKQRQIEQEKLASMKKQDEDKDKRDKEEKESSREKRERSRSPRRRKSRSPSPRRRSSPVRRERKRSHSRSPRHRTKSRSPSPAPEKKEKTPELPEPSVKVKEPSVQEATSTSDILKVPKPEPIPEPKEPSPEKNSKKEKEKEKTRPRSRSRSKSRSRTRSRSPSHTRPRRRHRSRSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSSSRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPPKTRHSPTPQQSNRTRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQRRQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDERPKRSHVKNGEVGRRRRHSPSRSASPSPRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSPSPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSPSPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKRRASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSPVTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSSPQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASPSPQSVRRVSSSRSVSGSPEPAAKKPPAPPSPVQSQSPSTNWSPAVPVKKAKSPTPSPSPPRNSDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAATTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS
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