Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Namibia/CERI-KRISP-K022530/2021
Strain Family
Delta (B.1.617.2 and AY lineages)
GISAID Accession EPI_ISL_5327910    Info 
Collection Date: 2021/6/7
Originating Lab: Namibia Institute of Pathology LTD, Windhoek Central Hospital
Submitting Lab: CERI, Centre for Epidemic Response and Innvoation, Stellenbosch University and KRISP, KZN Research Innovation and Sequencing Platform, UKZN.
Authors: Iyaloo Constantinus, Andreas Shiningavamwe, Ndahafa Frans, Ndumbu Pentikainen, Nathalia !Garus-Oas, Giandhari Jennifer, Pillay Sureshnee, Yajna Ramphal, Naidoo Yeshnee, Tshiabuila Derek, Tegally Houriiyah, San James, Wilkinson Eduan, de Oliveira Tulio
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
S region
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

Virus RNA - Host Protein Network
  Regulation Network
  Network Download  
  Full list of proteins interacting with the S region of this Strain
           hnRNP A1 messenger RNA (HNRNPA1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           IGF2-binding protein 1 (IMP-1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           EBNA2 coactivator p100 (SND1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (EIF3D)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H (EIF3H)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           FAST kinase domain-containing protein 2 (FASTKD2)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Glutamate-rich WD repeat-containing protein 1 (GRWD1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           IGF2-binding protein 2 (IMP-2)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
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           Nucleolysin TIAR (TIAL1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Protein AATF (RBFOX2)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           RNA-binding protein 5 (G15)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           U7 snRNA-associated Sm-like protein LSm11 (LSM11)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           WD repeat-containing protein 50 (UTP18)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Namibia/CERI-KRISP-K022530/2021|EPI_ISL_5327910|2021-06-07 ACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACG GTTTCGTCCGTTTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTG TCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTT GGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAA AGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTA TGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTG GGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGC CGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAAC ATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGT GGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACA 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.