Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/England/02/2020
Strain Family
Beta (B.1.351)
GISAID Accession EPI_ISL_407073    Info 
Collection Date: 2020/1/29
Originating Lab: Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
Submitting Lab: Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
Authors: Monica Galiano, Shahjahan Miah, Richard Myers, Angie Lackenby, Omolola Akinbami, Tiina Talts, Leena Bhaw, Kirstin Edwards, Jonathan Hubb, Joanna Ellis, Maria Zambon.
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
RNA Binding Site
cap- and poly(A)
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

Virus RNA - Host Protein Network
  Regulation Network
  Network Download  
  Full list of proteins interacting with the cap- and poly(A) of this Strain
           Eukaryotic initiation factor 4A-I (EIF4A1)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.008
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)
           Polyadenylate-binding protein 1 (PABPC1)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.012
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)
           Eukaryotic initiation factor 4A-II (EIF4A2)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.030
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)
           Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L (EIF3L)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.059
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)
           Eukaryotic translation initiation factor 4B (EIF4B)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.022
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)
           IF-4-gamma 1 (EIF4G1)
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              Infection Time 24 h
              Infection Cells Calu-3 cells (Human lung cancer cell)  (CVCL_0609 )
              Cell Originated Tissue Lung
              Interaction Score P-adjust = 0.018
              Description of Detection Method UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS)

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/England/02/2020|EPI_ISL_407073|2020-01-29 AGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCT GTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACG AGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCC GGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTT TTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAA AGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTT CGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGT GGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGG TAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTT ATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGG GCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACG 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References
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