Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Zambia/ZMB-88673/2021
Strain Family
Beta (B.1.351)
GISAID Accession EPI_ISL_2803591    Info 
Collection Date: 2021/1/30
Originating Lab: University of Zambia, School of Veterinary Medicine
Submitting Lab: UNZAVET and PATH
Authors: Mulenga Mwenda-Chimfwembe, Ngonda Saasa, Daniel Bridges, ZNPHI and ZGSC
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
Strain Mutation Site
P71L; T205I; K1655N; D80A; D215G; K417N; A701V; N501Y; E484K
RNA Binding Site
N region
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

Virus RNA - Host Protein Network
  Regulation Network
  Network Download  
  Full list of proteins interacting with the N region of this Strain
           40S ribosomal protein S14 (RPS11)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H (EIF3H)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Helicase-like protein 2 (HLP2)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Helicase-like transcription factor (HLTF)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Histone RNA hairpin-binding protein (SLBP)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Methionine aminopeptidase 2 (METAP2)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Nucleolar protein 12 (YWHAE)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           Poly(A) RNA polymerase
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              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
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           Pre-mRNA-splicing factor RBM22 (RBM22)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           RNA-binding protein 15 (RBM15)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           SAFB-like transcription modulator (SLTM)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Serine/arginine-rich splicing factor 9 (SRSF9)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Synaptic functional regulator FMR1 (FMR1)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           WD repeat-containing protein 50 (UTP18)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Zambia/ZMB-88673/2021|EPI_ISL_2803591|2021-01-30 ATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAA TAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCTTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAG CCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGA AAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAG GTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACT TGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAG AACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCT TACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGA CTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCC GTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCT CTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACAC 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.