Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-19/Wuhan/HBCDC-HB-04/2020
Strain Family
Omicron (B.1.1.529; BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.3; BA.4 ; BA.5)
GISAID Accession EPI_ISL_412980    Info 
Collection Date: 2020/1/18
Originating Lab: Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
Submitting Lab: Hubei Provincial Center for Disease Control and Prevention
Authors: Bin Fang, Xiang Li, Xiao Yu, Linlin Liu, Bo Yang, Faxian Zhan, Guojun Ye, Xixiang Huo, Junqiang Xu, Bo Yu, Kun Cai, Jing Li, Yongzhong Jiang.
 EPI_SET ID EPI_SET_220823ya
Strain Mutation Site
K856R; A2710T; T3255I; P3395H; I3758V; P314L; I1566V; A67V; T95I; G339D; S371L; S373P; K417N; N440K; G446S; S477N; T478K; E484A; Q493R; G496S; Q498R; N501Y; T547K; D614G; H655Y; N679K; P681H; N764K; D796Y; N856K; Q954H; N969K; T9I; D3G; Q19E; A63T; RG203KR
RNA Binding Site
E region
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
Taxonomy ID 2697049

Virus RNA - Host Protein Network
  Regulation Network
  Network Download  
  Full list of proteins interacting with the E region of this Strain
           EBNA2 coactivator p100 (SND1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H (EIF3H)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           FAST kinase domain-containing protein 2 (FASTKD2)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           G-patch domain-containing protein 5 (GPKOW)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Gem-associated protein 5 (GEMIN5)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           hFXR2p (FXR2)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           La-related protein 4 (LARP4)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           Pre-mRNA-processing factor 17 (CDC40)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           Protein AATF (RBFOX2)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Pumilio homolog 1 (PUM1)
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              Infection Cells K562 cells (Human leukemic cell line)  (CVCL_0004 )
              Cell Originated Tissue Bone marrow
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           RNA-binding protein 15 (RBM15)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           SNU114 homolog (hSNU114)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Suppressor of var1 3-like protein 1 (SUV3)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           T-cell-restricted intracellular antigen-1 (TIA-1)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm

Virus RNA Sequence Information (Source: GISAID)
>hCoV-19/Wuhan/HBCDC-HB-04/2020|EPI_ISL_412980|2020-01-18 CCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTG TCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCG TCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGAC CGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTT CGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCAC TTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTC GAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACA CTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGG AGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATT TTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACT CGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAA 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.