Details of Host Protein
Host Protein General Information (ID: PT1137) | |||||||||
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Protein Name |
Thyroid hormone receptor-associated protein 3 (THRAP3)
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Gene Name |
THRAP3
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Host Species |
Homo sapiens
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Uniprot Entry Name |
TR150_HUMAN
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Protein Families |
BCLAF1/THRAP3 family
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Subcellular Location |
Nucleus; nucleoplasm Nucleus speckle
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External Link | |||||||||
NCBI Gene ID | |||||||||
Uniprot ID | |||||||||
Ensembl ID | |||||||||
HGNC ID | |||||||||
Function in Host |
Involved in pre-mRNA splicing. Remains associated withspliced mRNA after splicing which probably involves interactions withthe exon junction complex (EJC). Can trigger mRNA decay which seems tobe independent of nonsense-mediated decay involving premature stopcodons (PTC) recognition. May be involved in nuclear mRNA decay. Involved in regulation of signal-induced alternative splicing. Duringsplicing of PTPRC/CD45 is proposed to sequester phosphorylated SFPQfrom PTPRC/CD45 pre-mRNA in resting T-cells. Involved in cyclin-D1/CCND1 mRNA stability probably by acting as component of the SNARPcomplex which associates with both the 3'end of the CCND1 gene and itsmRNA. Involved in response to DNA damage. Is excluced from DNA damagesites in a manner that parallels transcription inhibition; the functionmay involve the SNARP complex. Initially thought to play a role intranscriptional coactivation through its association with the TRAPcomplex; however, it is not regarded as a stable Mediator complexsubunit. Cooperatively with HELZ2, enhances the transcriptionalactivation mediated by PPARG, maybe through the stabilization of thePPARG binding to DNA in presence of ligand. May play a role in theterminal stage of adipocyte differentiation. Plays a role in thepositive regulation of the circadian clock. Acts as a coactivator ofthe CLOCK-ARNTL/BMAL1 heterodimer and promotes its transcriptionalactivator activity and binding to circadian target genes.
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3D Structure |
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Function of This Protein During Virus Infection | |||||||||
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Virus Name | SARS-COV-2 | Protein Function | Anti-viral | [6] | |||||
Infected Tissue | Lung | Infection Time | 7-9 Days | ||||||
Infected Cell | Calu-3 Cells (Human epithelial cell line) | Cellosaurus ID | CVCL_0609 | ||||||
Method Description | To detect the role of host protein THRAP3 in viral infection, THRAP3 protein knockdown Calu-3 Cells were infected with SARS-COV-2 for 7 - 9 Days , and the effects on infection was detected through CRISPR-based genome-wide gene-knockout screen. | ||||||||
Results | It is reported that knockout of THRAP3 increases SARS-CoV-2 RNA levels compared with control group. |
Host Protein - Virus RNA Network | |||||||||
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Full List of Virus RNA Interacting with This Protien | |||||||||
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RNA Region: 5'-UTR (hCoV-19/South Korea/KCDC03/2020 ) | |||||||||
RNA Region Details |
RNA Info
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Strains Name |
hCoV-19/South Korea/KCDC03/2020
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Strains Family |
Alpha (B.1.1.7)
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RNA Binding Region |
5'-UTR
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Virus Name |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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Interaction Type | Directly bind to SARS-CoV-23 RNA's 5' UTR region | ||||||||
Infection Cells | Vero cells (epithelial kidney cell) (CVCL_0059 ) | ||||||||
Cell Originated Tissue | kidney | ||||||||
Infection Time | 24 h | ||||||||
Interaction Score | P-adjust < 0.05 | ||||||||
Method Description | Modified RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS); label-free quantification (LFQ); liquid chromatography with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) | ||||||||
RNA Region: ORF10 (hCoV-19/Not Specified Virus Strain ) | |||||||||
RNA Region Details |
RNA Info
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[8] | |||||||
Strains Name |
hCoV-19/Not Specified Virus Strain
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RNA Binding Region |
ORF10
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Virus Name |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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Infection Cells | Huh7 cells (human liver cell line) Huh7 cells (human liver cell line) (CVCL_0336 ) | ||||||||
Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
Interaction Score | P-value < 0.05 | ||||||||
Method Description | RNA pull-down assays; liquid chromatography with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS); Wilcoxon test; MS2 affinity purification coupled with liquid chromatography-mass spectrometry (MAMS) | ||||||||
RNA Region: Not Specified Virus Region (hCov-OC43/VR-759 Quebec/2019 ) | |||||||||
RNA Region Details |
RNA Info
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[7] | |||||||
Strains Name |
hCov-OC43/VR-759 Quebec/2019
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Strains Family |
Beta
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RNA Binding Region |
Not Specified Virus Region
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Virus Name |
Human coronavirus OC43 (HCov-OC43)
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Infection Cells | HCT-8 cells (Human ileocaecal adenocarcinoma cell) HCT-8 cells (Human ileocaecal adenocarcinoma cell) (CVCL_2478 ) | ||||||||
Cell Originated Tissue | Ileocecum | ||||||||
Infection Time | 12h; 24; 36h; 48h | ||||||||
Interaction Score | p_value < 0.05; FDR < 10% | ||||||||
Method Description | Modified RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS); label-free quantification (LFQ); liquid chromatography with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) | ||||||||
RNA Region: Not Specified Virus Region (hCoV-19/England/02/2020 ) | |||||||||
RNA Region Details |
RNA Info
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[9] | |||||||
Strains Name |
hCoV-19/England/02/2020
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Strains Family |
Beta (B.1.351)
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RNA Binding Region |
Not Specified Virus Region
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Virus Name |
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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Infection Cells | Calu-3 cells (Human lung cancer cell) Calu-3 cells (Human lung cancer cell) (CVCL_0609 ) | ||||||||
Cell Originated Tissue | Lung | ||||||||
Infection Time | 24 h | ||||||||
Interaction Score | P-adjust = 0.003 | ||||||||
Method Description | UV protein-RNA crosslinking; RNA interactome capture (cRIC); RNA antisense purification coupled with mass spectrometry (RAP-MS) |
Differential Gene Expression During SARS-COV-2 Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protein Phosphorylation after Virus Infection | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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S207
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S237
[10] |
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S243
[11] |
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S243
[10] |
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S248
[11] |
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S248
[10] |
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S253
[10] |
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S264
[10] |
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S268
[10] |
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S274
[10] |
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S289
[10] |
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S310
[10] |
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S315
[10] |
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S320
[10] |
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S379
[11] |
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S379
[10] |
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S406
[10] |
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S408
[11] |
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S408
[10] |
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S53
[10] |
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S535
[11] |
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S535
[10] |
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S55
[10] |
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S575
[11] |
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S622
[10] |
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S624
[10] |
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S672
[10] |
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S682
[11] |
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S682
[10] |
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S698
[11] |
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S737
[10] |
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S928
[10] |
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S939
[10] |
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T487
[11] |
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T874
[11] |
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T874
[10] |
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Y293
[10] |
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Y873
[10] |
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Protein Sequence Information |
MSKTNKSKSGSRSSRSRSASRSRSRSFSKSRSRSRSLSRSRKRRLSSRSRSRSYSPAHNRERNHPRVYQNRDFRGHNRGYRRPYYFRGRNRGFYPWGQYNRGGYGNYRSNWQNYRQAYSPRRGRSRSRSPKRRSPSPRSRSHSRNSDKSSSDRSRRSSSSRSSSNHSRVESSKRKSAKEKKSSSKDSRPSQAAGDNQGDEAKEQTFSGGTSQDTKASESSKPWPDATYGTGSASRASAVSELSPRERSPALKSPLQSVVVRRRSPRPSPVPKPSPPLSSTSQMGSTLPSGAGYQSGTHQGQFDHGSGSLSPSKKSPVGKSPPSTGSTYGSSQKEESAASGGAAYTKRYLEEQKTENGKDKEQKQTNTDKEKIKEKGSFSDTGLGDGKMKSDSFAPKTDSEKPFRGSQSPKRYKLRDDFEKKMADFHKEEMDDQDKDKAKGRKESEFDDEPKFMSKVIGANKNQEEEKSGKWEGLVYAPPGKEKQRKTEELEEESFPERSKKEDRGKRSEGGHRGFVPEKNFRVTAYKAVQEKSSSPPPRKTSESRDKLGAKGDFPTGKSSFSITREAQVNVRMDSFDEDLARPSGLLAQERKLCRDLVHSNKKEQEFRSIFQHIQSAQSQRSPSELFAQHIVTIVHHVKEHHFGSSGMTLHERFTKYLKRGTEQEAAKNKKSPEIHRRIDISPSTFRKHGLAHDEMKSPREPGYKAEGKYKDDPVDLRLDIERRKKHKERDLKRGKSRESVDSRDSSHSRERSAEKTEKTHKGSKKQKKHRRARDRSRSSSSSSQSSHSYKAEEYTEETEEREESTTGFDKSRLGTKDFVGPSERGGGRARGTFQFRARGRGWGRGNYSGNNNNNSNNDFQKRNREEEWDPEYTPKSKKYYLHDDREGEGSDKWVSRGRGRGAFPRGRGRFMFRKSSTSPKWAHDKFSGEEGEIEDDESGTENREEKDNIQPTTE
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