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ManualDetails of Virus RNA
| Virus RNA - Host Protein Network | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Regulation Network | |||||||||
| Full list of proteins interacting with the 5'-UTR of this Strain | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 (HNRNPC) | |||||||||
| Protein Details |
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| 60S acidic ribosomal protein P0 (XRN2) | |||||||||
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| General transcription factor IIF subunit 1 (GTF2F1) | |||||||||
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| hFXR2p (FXR2) | |||||||||
| Protein Details |
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| IGF2-binding protein 3 (IMP-3) | |||||||||
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| Nucleolar pre-rRNA processing protein NIP7 (KD93) | |||||||||
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| Pre-mRNA-splicing factor RBM22 (RBM22) | |||||||||
| Protein Details |
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| RNA helicase aquarius (AQR) | |||||||||
| Protein Details |
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[1] | |||||||
| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| Serine/arginine-rich splicing factor 7 (SRSF7) | |||||||||
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| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| Splicing factor 3B subunit 4 (SF3B4) | |||||||||
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| Infection Cells | HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line) (CVCL_0027 ) | ||||||||
| Cell Originated Tissue | Liver | ||||||||
| Interaction Type | Potential binding protein | ||||||||
| Description of Detection Method | ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm | ||||||||
| Virus RNA Sequence Information (Source: GeneBank) |
>NC_005831.2 Human Coronavirus NL63, complete genome
CTTAAAGAATTTTTCTATCTATAGATAGAGAATTTTCTTATTTAGACTTTGTGTCTACTCTTCTCAACTA AACGAAATTTTTCTAGTGCTGTCATTTGTTATGGCAGTCCTAGTGTAATTGAAATTTCGTCAAGTTTGTA AACTGGTTAGGCAAGTGTTGTATTTTCTGTGTCTAAGCACTGGTGATTCTGTTCACTAGTGCATACATTG ATATTTAAGTGGTGTTCCGTCACTGCTTATTGTGGAAGCAACGTTCTGTCGTTGTGGAAACCAATAACTG CTAACCATGTTTTACAATCAAGTGACACTTGCTGTTGCAAGTGATTCGGAAATTTCAGGTTTTGGTTTTG CCATTCCTTCTGTAGCCGTTCGCACCTATAGCGAAGCCGCTGCACAAGGTTTTCAGGCATGCCGTTTTGT TGCTTTTGGCTTACAGGATTGTGTAACCGGTATTAATGATGATGATTATGTCATTGCATTGACTGGTACT AATCAGCTCTGTGCCAAAATTTTACCTTTTTCTGATAGACCCCTTAATTTGCGAGGTTGGCTCATTTTTT CTAACAGCAATTATGTTCTTCAGGACTTTGATGTTGTTTTTGGCCATGGTGCAGGAAGTGTGGTTTTTGT GGATAAGTACATGTGTGGTTTTGATGGTAAACCTGTGTTACCTAAAAACATGTGGGAATTTAGGGATTAC TTTAATAATAATACTGATAGTATTGTTATTGGTGGTGTCACTTATCAACTAGCATGGGATGTTATACGTA AAGACCTTTCTTATGAACAGCAAAATGTTTTAGCCATTGAGAGCATTCATTACCTTGGTACTACAGGTCA TACTTTGAAGTCTGGTTGCAAACTTACTAATGCTAAGCCGCCTAAATATTCTTCTAAGGTTGTTTTGAGT GGTGAATGGAATGCTGTGTATAGGGCGTTTGGTTCACCATTTATTACAAATGGTATGTCATTGCTAGATA 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| References | |||||||||||||||||||
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| 1 | Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458. | ||||||||||||||||||