Details of Virus RNA

 Virus RNA General Information
  Strain Information Strain Name
hCoV-SARS/Manitoba/2003
Strain Family
Beta
RNA Binding Site
5'-UTR
  Virus Information Virus Name
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (HCoV-SARS)
Taxonomy ID 694009
GeneBank ID NC_004718

Virus RNA - Host Protein Network
  Regulation Network
  Network Download  
  Full list of proteins interacting with the 5'-UTR of this Strain
           Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 (HNRNPC)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           60S acidic ribosomal protein P0 (XRN2)
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              Infection Cells HepG2 cells (hepatocellular carcinoma cell line)  (CVCL_0027 )
              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           General transcription factor IIF subunit 1 (GTF2F1)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           hFXR2p (FXR2)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           IGF2-binding protein 3 (IMP-3)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Nucleolar pre-rRNA processing protein NIP7 (KD93)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           Pre-mRNA-splicing factor RBM22 (RBM22)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
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           RNA helicase aquarius (AQR)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Serine/arginine-rich splicing factor 7 (SRSF7)
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              Cell Originated Tissue Liver
              Interaction Type Potential binding protein
              Description of Detection Method ENCODE project database; Pysster model; DeepRiPe (Section 3.6; 3.7; 3.8; 3.9); ClustalO (72) algorithm
           Splicing factor 3B subunit 4 (SF3B4)
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              Cell Originated Tissue Liver
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Virus RNA Sequence Information (Source: GeneBank)
>NC_004718.3 SARS coronavirus Tor2, complete genome
ATATTAGGTTTTTACCTACCCAGGAAAAGCCAACCAACCTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGA ACTTTAAAATCTGTGTAGCTGTCGCTCGGCTGCATGCCTAGTGCACCTACGCAGTATAAACAATAATAAA TTTTACTGTCGTTGACAAGAAACGAGTAACTCGTCCCTCTTCTGCAGACTGCTTACGGTTTCGTCCGTGT TGCAGTCGATCATCAGCATACCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTTC TTGGTGTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTCCTTCAGGTTAGAGACGTGCTAGTGCG TGGCTTCGGGGACTCTGTGGAAGAGGCCCTATCGGAGGCACGTGAACACCTCAAAAATGGCACTTGTGGT CTAGTAGAGCTGGAAAAAGGCGTACTGCCCCAGCTTGAACAGCCCTATGTGTTCATTAAACGTTCTGATG CCTTAAGCACCAATCACGGCCACAAGGTCGTTGAGCTGGTTGCAGAAATGGACGGCATTCAGTACGGTCG TAGCGGTATAACACTGGGAGTACTCGTGCCACATGTGGGCGAAACCCCAATTGCATACCGCAATGTTCTT CTTCGTAAGAACGGTAATAAGGGAGCCGGTGGTCATAGCTATGGCATCGATCTAAAGTCTTATGACTTAG GTGACGAGCTTGGCACTGATCCCATTGAAGATTATGAACAAAACTGGAACACTAAGCATGGCAGTGGTGC ACTCCGTGAACTCACTCGTGAGCTCAATGGAGGTGCAGTCACTCGCTATGTCGACAACAATTTCTGTGGC CCAGATGGGTACCCTCTTGATTGCATCAAAGATTTTCTCGCACGCGCGGGCAAGTCAATGTGCACTCTTT CCGAACAACTTGATTACATCGAGTCGAAGAGAGGTGTCTACTGCTGCCGTGACCATGAGCATGAAATTGC 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TTGGATGGGTATTATAAAAAGGATAATGCTTACTATACAGAGCAGCCTATAGACCTTGTACCAACTCAAC CATTACCAAATGCGAGTTTTGATAATTTCAAACTCACATGTTCTAACACAAAATTTGCTGATGATTTAAA TCAAATGACAGGCTTCACAAAGCCAGCTTCACGAGAGCTATCTGTCACATTCTTCCCAGACTTGAATGGC GATGTAGTGGCTATTGACTATAGACACTATTCAGCGAGTTTCAAGAAAGGTGCTAAATTACTGCATAAGC CAATTGTTTGGCACATTAACCAGGCTACAACCAAGACAACGTTCAAACCAAACACTTGGTGTTTACGTTG TCTTTGGAGTACAAAGCCAGTAGATACTTCAAATTCATTTGAAGTTCTGGCAGTAGAAGACACACAAGGA ATGGACAATCTTGCTTGTGAAAGTCAACAACCCACCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGA AGGAAGTCATAGAGTGTGACGTGAAAACTACCGAAGTTGTAGGCAATGTCATACTTAAACCATCAGATGA AGGTGTTAAAGTAACACAAGAGTTAGGTCATGAGGATCTTATGGCTGCTTATGTGGAAAACACAAGCATT ACCATTAAGAAACCTAATGAGCTTTCACTAGCCTTAGGTTTAAAAACAATTGCCACTCATGGTATTGCTG CAATTAATAGTGTTCCTTGGAGTAAAATTTTGGCTTATGTCAAACCATTCTTAGGACAAGCAGCAATTAC AACATCAAATTGCGCTAAGAGATTAGCACAACGTGTGTTTAACAATTATATGCCTTATGTGTTTACATTA TTGTTCCAATTGTGTACTTTTACTAAAAGTACCAATTCTAGAATTAGAGCTTCACTACCTACAACTATTG CTAAAAATAGTGTTAAGAGTGTTGCTAAATTATGTTTGGATGCCGGCATTAATTATGTGAAGTCACCCAA ATTTTCTAAATTGTTCACAATCGCTATGTGGCTATTGTTGTTAAGTATTTGCTTAGGTTCTCTAATCTGT GTAACTGCTGCTTTTGGTGTACTCTTATCTAATTTTGGTGCTCCTTCTTATTGTAATGGCGTTAGAGAAT TGTATCTTAATTCGTCTAACGTTACTACTATGGATTTCTGTGAAGGTTCTTTTCCTTGCAGCATTTGTTT AAGTGGATTAGACTCCCTTGATTCTTATCCAGCTCTTGAAACCATTCAGGTGACGATTTCATCGTACAAG CTAGACTTGACAATTTTAGGTCTGGCCGCTGAGTGGGTTTTGGCATATATGTTGTTCACAAAATTCTTTT ATTTATTAGGTCTTTCAGCTATAATGCAGGTGTTCTTTGGCTATTTTGCTAGTCATTTCATCAGCAATTC TTGGCTCATGTGGTTTATCATTAGTATTGTACAAATGGCACCCGTTTCTGCAATGGTTAGGATGTACATC TTCTTTGCTTCTTTCTACTACATATGGAAGAGCTATGTTCATATCATGGATGGTTGCACCTCTTCGACTT GCATGATGTGCTATAAGCGCAATCGTGCCACACGCGTTGAGTGTACAACTATTGTTAATGGCATGAAGAG ATCTTTCTATGTCTATGCAAATGGAGGCCGTGGCTTCTGCAAGACTCACAATTGGAATTGTCTCAATTGT GACACATTTTGCACTGGTAGTACATTCATTAGTGATGAAGTTGCTCGTGATTTGTCACTCCAGTTTAAAA GACCAATCAACCCTACTGACCAGTCATCGTATATTGTTGATAGTGTTGCTGTGAAAAATGGCGCGCTTCA CCTCTACTTTGACAAGGCTGGTCAAAAGACCTATGAGAGACATCCGCTCTCCCATTTTGTCAATTTAGAC AATTTGAGAGCTAACAACACTAAAGGTTCACTGCCTATTAATGTCATAGTTTTTGATGGCAAGTCCAAAT 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References
1 Computational Mapping of the Human-SARS-CoV-2 Protein-RNA Interactome. bioRxiv. 2021 Dec; DOI:.org/10.1101/2021.12.22.472458.